顾名思义，绿色革命应当是生态的，是环境友好的。在这里还有必要特别强调生态学的好处么?按照中国科学家设计的思路，其出发点是提高产量并保护生态环境，在源头少制造病人。第一次绿色革命除了造成环境污染外，大部分粮食被原本不消耗粮食或消耗很少粮食的动物所利用，如将增加的粮食依然用来养猪、鸡、鸭、鹅、牛、羊、兔、鱼、鳖、蟹等等，本身就是对辛辛苦苦种植出来的粮食的最大浪费。可见，下一步要解决的不是粮食产量问题，而是肉和奶的来源问题。以生态学为特征的绿色革命，是在秸秆上做文章，是在培肥地力、恢复生态平衡上做文章，而不是在单纯在种子上做文章;是利用生态学的原理解决食物问题和环境问题，而不是用工业的思路制造环境污染(化肥、农药、地膜等);是用生物多样性中的物种增加人类的食物(如牛、羊肉和奶食品)，而不是用其中的某些基因获得人类期望的食物(如单一的粮食);是将动物的习性恢复到齐自然属性，而不是用所谓的合成饲料消耗粮食。因此，以生态学为主导的第二次绿色革命，才是真正意义上的绿色革命。
这就是说，生态学的解决方案，不是将眼光直接盯在提高粮食产量上，而是将人们废弃的50%以上的光合产物(以秸秆为主)，高效循环利用起来，通过植物生产(截获太阳能)、动物生产(收获肉奶等食品)、微生物生产(生产饲料和肥料)等，使单位土地面积升值，既增加了食物，又增加了肥料。有机肥增加后，将大量的中低产田改造，反过来可提高粮食产量，即实现循环农业。
我国每年生产粮食6.2亿吨，1.86亿吨供给人消费，2.48亿吨作为饲料供给畜牧业(占粮食总产量40%)，其中用于猪饲料近1.8亿吨，猪消耗的粮食已与人类消耗基本持平。可见当前粮食生产的压力是因为动物与人争粮造成的，而一些草食动物原本是不消耗粮食的。以生态学为主导的第二次绿色革命有哪些优点呢?分析认为有以下几点好处：
第一，解决国家食物安全问题。我国年产秸秆6~7亿吨。如果充分利用起来如养牛养羊等反刍动物，则相当于得到1亿吨的活牛重，以54%的出肉率计算，等于5400万吨纯牛肉，或2.7亿吨粮食(1斤肉等于5斤粮的营养和热量)，扣除育肥过程中消耗的1亿吨粮，净增加粮食1.7亿吨。试想，什么样的技术有如此强大的威力?生态学的解决方案还从猪、羊、鹅等动物嘴里夺出粮食来。当然，上述是理论计算值，在具体实践中，我们能够将50%的秸秆利用起来就是很不错的增产计划了。目前，全国80%的牛羊已经在农区养殖，充分说明秸秆畜牧业是有巨大潜力的。
第二，制造有机肥，减少化肥等造成的环境污染。如果有效利用秸秆资源，那么牛羊这些流动的“化肥厂”所制造的有机肥量将十分巨大。初步计算，如将全国50%的秸秆利用起来，就可增加牛粪32.8~38.3亿吨(鲜重)，折合2835~3310万吨硫酸胺，均为有机肥，大量使用对土壤不形成破坏，不会造成环境污染，产量也不会下降反而可能增加。根据我们在山东的前期实验，如果每亩施用3吨有机肥，即使减少一半的化肥用量，玉米产量也高于施常规化肥的产量。
目前，由于拖拉机取代了畜力，农民不再饲养大牲口，有机肥来源少，造成化肥用量居高不下，农药、地膜的大量使用还导致了严重污染。新绿色革命利用生态系统的元素循环规律，将无机元素循环利用，培育地力，改善土壤水、肥、气、热条件，可大大减少化肥用量，减少农村面源污染。
第三，避免了转基因食品带来的恐慌。尽管分子生物学家们反复强调转基因食品是安全的，然而对于其长期影响，尤其他们没有底气自己带头吃，人们还是不信任该技术的安全性问题。发达国家对转基因粮食和传统粮食是严格区分的，我国也有法律规定转基因食物需要明确标识。利用生态学办法生产的食物则不存在这种风险，所有从事生态农业的人员不仅带头吃自己的产品，还会向亲朋好友介绍食用生态农产品。目前农民种地实现“双轨制”，留给自己吃的恰好是用生态的办法生产的。生态农产品欢迎标注，但转基因食品害怕标注，这就是两种食物的巨大差别。
第四，转基因的绿色革命是使生物技术公司受益，生态的绿色革命则使广大农民受益。转基因技术为高新、复杂技术，农民不可能掌握，一旦进入推广阶段，农民必须每年购买转基因的种子，这样就会受到生物技术公司或种子公司的“剥削”。与此相反，生态学的绿色革命所需要的原料是农民自己的，所获得的额外收入大都进入自己的腰包。即使利用秸秆转化饲料的新技术，也多为常规技术，经简单培训后农民就能掌握，不用担心种植成本加大。
第五，生态学主导的第二次绿色革命在源头生产健康食物。由于少用化肥，少用或不用农药，食物生产系统增加了优质劳动力，加上现代科学技术应用，生态农业可在源头生产健康食物，减少医院病人，促进城乡和谐。在国外，生态农业又称自然农业、有机农业和生物农业等，其生产的食品称生态食品、健康食品、自然食品、有机食品等。尽管各国对生态产品的叫法不同，但宗旨和目的是一致的，这就是：在健康的土地上，用健康的生产方式生产健康的食品，提高人们的健康水平，促进农业的可持续发展。目前城市富裕人群对于食品安全的要求越来越高，他们对粮食生产的要求是：一点化肥不施，一滴农药不洒，一粒除草剂不用，坚决不能有转基因。这样的食品是有市场竞争力的。
第六，减少温室气体排放实现农田生态系统碳逆转。目前的农业模式是排放温室气体的，高达44%-57%的全球温室气体来自所谓的现代农业。我们的研究发现，用有机肥替代化肥可显著减少温带农田温室气体排放量，其固碳潜力达8.8吨CO2/公顷/年。与此同时, 施用有机肥还增加了土壤肥力，进而提高了小麦和玉米产量。有机肥全部替代化肥后, 农田变为典型的碳库;而全部施用化肥，农田则为典型碳源，释放速率为2.7吨CO2当量/公顷/年。如果该模式推广出去，我国18亿亩农田的固碳潜在高达301亿吨碳。这说明发展生态农业，对于温室减排潜力是巨大的。
第七，城市消费带动环境保护。生态农业得到广大消费者、政府和经营企业的一致认可。例如，在德国，现在顾客购买生态牛肉要比购买常规方法生产的牛肉至少贵30%，但消费者认为，由于生产生态牛肉需要付出较多的人力和财力，因此，付这个价格值得。近年来，德国普通牛肉销售量下降了50%，但生态牛肉销售量增加了30%。生态农产品可以解除消费者对食品安全的担心，这是生态农业发展的最大市场动力。西欧是全球最大的生态农产品消费市场，其消费额在未来几年里将会保持连年增长。由于生态农业是环境友好型的，市民消费实际上是在满足自身健康的同时，帮助国家治理环境污染，促进温室气体减排。
第八，农民受益后主动消费工业品，促进经济发展。目前搞的家电下乡、汽车下乡、房地产下乡，非常热闹，然而，农民兜里没有钱还是拉动不了经济，政府补贴也没有用。中国人口基数庞大，农民占据了半壁江山，生态农业是在现有土地规模不变的前提下实现农民增收，一亩收入是原来的3-5倍，等于土地在生态修复的前提下扩大了面积。由于效益高，农民愿意投入劳动，农民收入高了，也会发过来购买城市工业品。如与我们合作发展“六不用”(化肥、农药、农膜、除草剂、人工合成激素、转基因)农业模式富裕的农民，第一时间就购买了12万元的小轿车，与我们长期合作生态草业的牧民富裕后，不仅购买了2辆小轿车(包括1辆商务轿车)，还在城里购买了2套住房。可见农牧民有了钱，国家的经济才会活跃起来。
生态农业已经引起了发达国家的高度重视。在欧洲，《欧洲共同农业法》有专门条款鼓励欧盟范围内的生态农业的发展。欧盟各国也大都制定了鼓励生态农业发展的专门政策。例如，奥地利于1995年即实施了支持生态农业发展的特别项目，国家提供专门资金鼓励和帮助农场主向生态农业转变。法国于 1997年制定并实施了“有机农业发展中期计划”。德国农业部长建议欧盟在10年内使生态农业产值占整个农业生产的20%。在经营企业方面，美国有机农业商业联合会主席凯瑟琳•迪马特奥说：“有机农产品已不再限于健康食品店，现在它们正不断涌进大型连锁超市。”生态食品已不再只是一种时髦。正如有专家指出的那样，生态农业有朝一日将会成为世界农业的主流和发展方向。
为什么说以生态学为主的农业具有中国特色呢?这是由中国国情决定的。中国农民占总人口75%以上，美国农民仅占其人口的1.8%，劳动力昂贵且严重不足，只好借助机械和转基因技术。其实该国发展的是一种“懒人农业”。另外，中国62%的耕地受到不同程度的干旱、瘠薄、洪涝、盐碱等各种因素制约，要改造这些中低产田，必须借助有机肥，而无机肥和转基因只能使土地越种越“瘦”。
当然，生态农业也有其缺点，即利用的劳动力多，动植物的生长周期长，但前者可通过农产品加工延长产业链，带动农民就业;后者，可通过逐步实施，将动植物产量稳定一定规模后可实现源源不断地供应，且从源头避免了食物浪费。
我们不难认为，第一次绿色革命起源于印度，以美国规模化农业为最盛时期，结束于转基因农业。真正的绿色革命，即以生态学为指导的第二次绿色革命发端与中国，最终引领人类走人与自然、人与人、人与社会和谐发展的可持续农业道路，这与执政党提倡的生态文明建设是高度吻合的。第二次绿色革命是由城市中觉醒的市民发起的。他们拒绝被喂养，拒绝食物生产“双轨制”，拒绝现代农业中的有害要素，从保护自身健康，乃至生态环境健康角度出发，通过理性的消费引领农业理性回归;农二代，大学生二代因效益提高，主动回到农村;通过科学设计与生态农业连锁产业，将农村建设成为比城市生态环境还要优美的健康的食物生产之地、宜居之地、长寿之地与科学养老基地，盘活社会资源，实现真正的城乡和谐互动，变互害模式为互利模式。
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